北海道大学的前身为1876年(明治9年)为开发北海道而设立的札幌农学校。首任校长为美国马萨诸塞州农科大学校长克拉克博士。克拉克博士在返回美国时候,经过札幌附近的岛松时,骑在马上,对送别的师生们大声说了一句话,“青年们,要胸怀大志”(少年よ、大志を抱けBoys,be ambitious)。从此,这句话就成了北海道大学的校训流传至今。在克拉克博士离任后,他所宣讲的基督教精神仍留存在校园内,尽管该校为国立学校,但在学生中流“信耶稣誓约”,从中诞生了新渡户稻造,内村鉴三等日本战前杰出的基督教徒。1907年该校改名为东北帝国大学农科分校,1918年成为第5个帝国大学“北海道帝国大学”。二战结束后,改制为新型大学,并开始使用“北海道大学”的校名直至今日。