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课程设置
高一阶段共有5类课程，分别是：东大·国公立大医学科课程、尚学开拓者课程、尚学挑战者课程、国际文化科学课程（IB课程）、商学开拓者课程β（原体育课程）。
高二阶段根据学生个人意愿和升学目标会进行重新分班，新增“难关大学课程”，共有6个课程。
高三阶段根据学生的个人意愿，如果申请者达到一定人数还会开设私立文科课程和私立理科课程。
英语教育
作为一所“中高一贯制”校，冲绳尚学制定了从初中入学到高中毕业，每学年阶段的目标级别。为了达成这个目标，全体学生和教师一起努力。每年都有很多学生参加英语演讲、辩论比赛等，取得了很好的成绩。提高跨文化交流能力是冲绳尚学的目标之一。
日本高中生在考入大学时英语一般需达到英检准2级能力，但是冲绳尚学高中的学生有60%以上在上学期间就已考取英检2级以上。还有有很多同学通过了更高等级——准1级和1级的考试。
IB课程
冲绳尚学高中的国际文化科学班所学课程是IB课程，也就是国际文凭。此外，同学们也要学习日本高中生毕业所需要掌握的文化课、以及冲绳尚学高中特色的空手道课。国际文化科学班的课程包含了英日双语教学。冲绳尚学高中的国际文化科学班学生在毕业时会同时获得日本高中毕业证和IB文凭。
课程安排除了有IB考试需要掌握的6科：日本文学、English B、历史、实验科学(生物、化学)、数学、美术外，还有TOK(认知论)、CAS活动、空手道、体育、信息科目。其中英语和数学必须使用英语听讲；而历史和TOK(认知论)可以自由选择使用英语还是日语听讲，在考试时也可以自由选择使用语言。
学校优势
1.维持“延长冲绳尚学”“扩展冲绳尚学”的独特教育系统。细分学习目标的“明确教学”。
2.冲绳传统文化空手道是必学课程，每年两次空手道升段·升级审查挑战赛。
3.全球化教育，学校在世界各国有共计26所教育合作学校。
4.培育学生的社会责任感，学校全员每年参加两次志愿者活动。
5.每年英检2级合格者人数全国名列前茅。
社团活动
学校社团活动丰富，棒球部在全国比赛中曾制霸全国，柔道部也曾在全国比赛中取得优异成绩。作为棒球现役知名选手的东浜巨、伊志岭翔、比屋根涉等都出身于冲绳尚学高中。
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