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招生计划难完成
由于日本新生儿数量逐年减少，报考大学的高中毕业生人数下降，非知名大学难以完成招生计划。１９９２年，日本大学的新生招收指标为４７万，当时约有９２万学生报名参加入学考试。到了２０１４年，全国的新生招收指标扩大到了５９万，但报考的学生人数却减少到约６６万，几乎所有想上大学的学生都能够如愿以偿。２０１４年，日本高等院校的在校生人数为２８５万，比１０年前减少了４万多。
据统计，日本２０１３年出生、将于２０３１年达到上大学年龄的大学生预备人口只有１０４万，比２０１３年的大学生预备人口减少１５万。预计２０２０年的新生儿数量将减少到约８３万。今后各大学之间展开的学生争夺战必将更激烈，除了具有高质量和好口碑的知名学府之外，其他高等院校都可能面临严峻的生存危机，对设在中小城市的高校冲击更大。日本国土交通省预言，今后人口在１２．５万以下的绝大部分城市里，大学将会消失。
财务状况恶化
由于在校生数量下降，学费收入增长停滞，开支增加以及政府拨款减少，日本多数高校的财务状况都在恶化。《读卖新闻》对日本１２９家主要高等院校的调查结果显示，有５８％的高校经营状况恶化，在私立大学中有６８％的学校经营状况不良，出现了不同程度的亏损。
日本私立学校振兴共济事业团的调查结果显示，２０１４年，在日本５７８家４年制私立大学中，有一半以上的大学未能招满学生，比上年增加了６个百分点，特别是比较偏远的东北和四国地区的私立大学招生难问题更加突出。
加上日本经济一直未有大的起色，政府用于高等教育的财政拨款也在不断减少，不仅私立大学的补助金减少，就连国立大学的财政拨款也受到很大影响。２０１２财年，用于国立大学的财政拨款为１０７９１亿日元（约合５６６亿元人民币），比上年度减少５７４．２６亿日元（约合３０亿元人民币），平均降幅超过５％，部分学校的降幅达到１０％至２０％。
采取措施自救
为了解决学校招生难、运营资金不足等问题，日本高校在扩大招收外国留学生的同时，大力加强大学附属医院等的经营管理，并举办各种名义的活动，鼓励各界人士积极捐款。
近年来，日本不少大学积极到亚洲各国招收留学生，努力扩大生源，增加收入。日本文部科学省也积极配合日本高校招收外国留学生，计划将目前的１３万外国留学生扩大到３０万，以弥补国内大学招生人数的不足，同时，扩大日本高等教育在国际上的影响力。
许多大学开展募捐活动，呼吁各届校友积极捐款，反哺母校。一桥大学已募集到了７５亿日元（约合４亿元人民币）的捐款，富山大学、京都府立医科大学等高校也收到了为数可观的捐款；青山学院大学发起了网上捐款活动，欢迎校友和各界人士捐款；早稻田大学校长亲自拜访企业家，呼吁有能力的企业大力支持教育事业，帮助早稻田大学为扩大招收留学生而建造国际学生公寓。目前，捐款已经成了日本高等教育的重要财源之一。
