学校法人東京歯科大学は、私立学校法第3条に基づき、私立学校の設置を目的として設立された法人であり、東京歯科大学、東京歯科大学大学院及び東京歯科大学歯科衛生士専門学校を設置している。
法人の運営機関として理事会および評議員会がある。理事会は理事7名、監事2名で構成され、本法人の最高議決機関である。また評議員会は本法人職員、本学同窓生、学識経験者の評議員37名で構成されており、寄附行為の規定による議決事項および諮問事項を審議する機関である。
東京歯科大学は学校法人東京歯科大学により設置された教育機関として、歯学に関する専門の学術を教授研究すると共に、豊かな教養と高い人格とを備えた人材を育成し、人類の福祉に貢献することを目的とする。
大学の学務に関する重要事項を審議するために教授会が置かれ、学長および教授をもって構成する。本学には付属病院として、千葉病院、市川総合病院、水道橋病院の３施設が置かれている。教職員組織は教育職員、医療職員、事務職員、技術職員、労務職員で構成されている。